Dalam catatan sejarah, selain Pater Cornelis Le Cocq d’Armandville, SJ yang pada tahun 1882 mengunjungi Numba, Ende dan Maurongga, misionaris Jesuit lainnya yang mengunjungi Flores bagian Barat adalah Pater Henrikus Looijmans, SJ yang sempat mengunjungi Ende pada tahun 1910 dalam perjalanannya ke Labuan Bajo. Pada 17 Mei 1912, P. Looijmans, SJ memberikan Sakramen Permandian di Reo, Manggarai kepada sejumlah orang.
Pada 8 Februari 1912, Propaganda Fide mengeluarkan dekrit bagi Societas Verbi Divini (SVD) untuk melayani misi di Kepulauan Sunda Kecil (Isole della Piccola Sonda) dan menunjuk Pater Petrus Noyen, SVD, sebagai Prefek Apostolik wilayah misi ini. Pada tahun 1914, para Misionaris SVD tiba di Ruteng dan membuka beberapa sentra pelayanan misi. Pater Noyen mengunjungi Reo pada 17 November 1915 dan memberikan Sakramen Permandian pada 3 anak di Reo. Ia melanjutkan perjalanan ke Labuan Bajo dan Ruteng. Di Labuan Bajo, ia sempat merayakan Sakramen Ekaristi bersama umat Katolik dari Larantuka yang bekerja di sana sebagai penyelam mutiara. Pater Noyen juga mempermandikan anak-anak mereka, baik yang sudah bersekolah maupun yang masih sangat kecil.
Pada 23 Agustus 1916, Pater Wilhelm Baack, SVD tiba di Ruteng dan memberikan Sakramen Permandian kepada empat orang dewasa, selanjutnya pada 26 September 1918, ia tiba di Labuan Bajo untuk melayani umat Katolik di sana. Seiring perjalanan waktu dan perkembangan jumlah umat, maka pada 8 Maret 1951, berdirilah Vikariat Apostolik Ruteng dan Mgr. Wihelmus van Bekkum, SVD menjadi Vikaris Apostoliknya. Kemudian pada 3 Januari1961, status Vikariat Apostolik Ruteng ditingkatkan menjadi Keuskupan Ruteng dan dengan demikian Mgr. Wihelmus van Bekkum, SVD menjadi Uskup pertama Keuskupan Ruteng sampai dengan 10 Maret 1972.
Mgr. Vitalis Djebarus, SVD adalah uskup kedua yang melanjutkan kepemimpinan di Keuskupan Ruteng sampai 4 September 1980. Tahta Suci menunjuk Mgr. Vitalis untuk menjadi Uskup Denpasar dan kepemimpinan di Keuskupan Ruteng diteruskan oleh Mgr. Eduardus Sangsun, SVD hingga wafatnya pada 13 Oktober 2008. Pada 7 November 2009 sampai dengan 11 Oktober 2011, Mgr. Hubertus Leteng meneruskan kepemimpinan Keuskupan Ruteng dan dilanjutkan oleh Mgr. Siprianus Hormat yang menjabat sejak 13 November 2019 hingga kini.